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Primer Premier v6.0 绿色版

Primer Premier v6.0 绿色版

软件大小:52.58 MB软件语言:简体中文授权方式:免费软件

更新时间:2022-07-05运行环境:Win ALL

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Primer Premier是一款在基因工程专业上会经常使用到的引物设计软件,我们可以通过Primer Premier来完成引物设计、序列编辑、酶切分析等多种操作,并且这款Primer Premier软件还可以帮助用户快速分析各项数据,获取最为准确的结论数据。

Primer Premier v6.0 绿色版

Primer Premier软件特色

Primer Premier软件还可以针对模板DNA 的来源以相应的遗传密码规则转换DNA 和氨基酸序列。软件共给出八种生物亚结构的不同遗传密码规则供用户选择,有纤毛虫大核(Ciliate Macronuclear)、无脊椎动物线粒体(Invertebrate Mitochondrion)、支原体(Mycoplasma)、植物线粒体(Plant Mitochondrion)、原生动物线粒体(Protozoan Mitochondrion)、一般标准(Standard)、脊椎动物线粒体(Vertebrate Mito-chondrion)和酵母线粒体(Yeast Mitochondrion)。Primer Premier软件有优秀的引物自动搜索功能,同时可进行部分指标的分析,而且容易使用,已被引物设计行业人士认为是一款相当不错的软件。

Primer Premier功能介绍

1.主要界面可分为序列编辑窗口(Genetank),引物设计窗口(Primer Design),酶切分析窗口(Restriction Sites)和纹基分析窗口(Motif)四大块

2.该软件就是用来进行引物设计的

3.可以简单地通过手动拖动鼠标以扩增出相应片段所需的引物

4.在手动的任何时候,下面显示各种参数的改变和可能的二聚体、异 二聚体、发夹结构等。也可以给定条件,让软件自动搜索引物,并将引物分析结果显示出来

5.进行这些操作非常简单

Primer Premier安装方法

1、下载解压后双击PP600Installer.exe启动安装包,然后勾选同意协议点击Next

Primer Premier v6.0 绿色版

2、直接点击Next就好

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3、选择好安装位置然后点击Install

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4、等待安装完成

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5、安装完成后点击Done结束安装

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Primer Premier使用技巧

一、限制性酶切点分析及基元查找功能

1.其主要功能在主界面上一目了然。限制性酶切点分析及基元查找功能比较简单,点击该功能按钮后,选择相应的限制性内切酶或基元(如-10 序列,-35 序列等),按确定即可

2.常见的限制性内切酶和基元一般都可以找到,你还可以编辑或者添加新限制性内切酶或基元

二、引物设计

1.打开DNA序列后点击按钮primer,出现“search criteria”窗口,有多种参数可以调整

2.搜索目的(Seach For)有三种选项,PCR 引物(PCR Primers)、测序引物(Sequencing Primers)和杂交探针(Hybridization Probes)

3.搜索类型(Search Type)可选择分别或同时查找上、下游引物(Sense/Anti-sense Primer,或Both),或者成对查找(Pairs),或者分别以适合上、下游引物为主(Compatible with Sense/Anti-sense Primer)。另外还可改变选择区域(Search Ranges),引物长度(Primer Length),选择方式(Search Mode),参数选择(Search Parameters)等等

3.使用者可根据自己的需要设定各项参数。如果没有特殊要求,建议使用默认设置。然后按search,随之出现的Search Progress 窗口中显示Search Completed 时,再按OK,这时搜索结果以表格的形式出现,有三种显示方式,上游引物(Sense),下游引物(Anti-sense),成对显示(Pairs)。默认显示为成对方式,并按优劣次序(Rating)排列,满分为100,即各指标基本都能达标

三、引物点击

1.点击其中一对引物,如第1#引物,并把上述窗口挪开或退出,显示“Peimer Premier”主窗口,所得结果分三部分,

2.模板及产物位置,中间是所选的上下游引物的一些性质,最下面是四种重要指标的分析,包括发夹结构(Hairpin),二聚体(Dimer),错误引发情况(False Priming),及上下游引物之间二聚体形成情况(Cross Dimer)

3.当所分析的引物有这四种结构的形成可能时,按钮由变成,点击该按钮,在左下角的窗口中就会出现该结构的形成情况

4.一对理想的引物应当不存在任何一种上述结构,因此最好的情况是最下面的分析栏没有,只有。值得注意的是中间一栏的末尾给出该引物的最佳退火温度

四、引物修饰编辑

1.在需要对引物进行修饰编辑时,如在5’端加入酶切位点,可点击,然后修改引物序列

2.若要回到搜索结果中,则点击按钮。如果要设计简并引物,只需根据源氨基酸序列的物种来源选择前述的八种遗传密码规则,反推至DNA 序列即可3.对简并引物的分析不需像一般引物那样严格

4.总之,“Premier”有优秀的引物自动搜索功能,同时可进行部分指标的分析,而且容易使用,是一个相当不错的软件