Primer Premier v6.0 正式版

Primer Premier是一款专业性极强的PCR引物设计软件。Primer Premier软件分为序列编辑窗口（Genetank），引物设计窗口（PrimerDesign），酶切分析窗口（RestrictionSites）和纹基分析窗口（Motif）四大模块，可以为PCR反应提供专业的引物设计功能。

Primer Premier软件特色

1、主要界面可分为序列编辑窗口（Genetank），引物设计窗口（Primer Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和纹基分析窗口（Motif）四大块

2、该软件就是用来进行引物设计的

3、可以简单地通过手动拖动鼠标以扩增出相应片段所需的引物

4、在手动的任何时候，下面显示各种参数的改变和可能的二聚体、异 二聚体、发夹结构等。也可以给定条件，让软件自动搜索引物，并将引物分析结果显示出来

5、进行这些操作非常简单

Primer Premier软件功能

CR引物设计 - 设计引物对用于PCR和多重实验。

跨物种 - 扩增来自多个物种的序列。

致病性检测 - 在高度保守的区域中定位寡核苷酸。

等位基因特异性 - 仅扩增一组相关序列中的单个成员。

简并 - 从氨基酸序列开始，反向翻译并自动设计低简并区域的寡核苷酸。

嵌套/多重 - 检查多个候选寡核苷酸之间的同源性。

限制酶和基序分析 - 从数据库中选择800多种酶和200种常见基序。

Clustal W比对 - 使用任何资源（包括EBI）在执行ClustalW比对后加载比对序列。

多序列比对 - 使用流行的Clustal W算法来对齐桌面上的序列（仅适用于Windows版本）。

算法 - 使用Breslauer值计算Tm。

长PCR - 处理最多50 KB的序列。

Primer Premier使用技巧

其主要功能在主界面上一目了然。限制性酶切点分析及基元查找功能比较简单，点击该功能按钮后，选择相应的限制性内切酶或基元（如-10序列，-35序列等），按确定即可。常见的限制性内切酶和基元一般都可以找到。你还可以编辑或者添加新限制性内切酶或基元。 

进行引物设计时，打开DNA序列后点击按钮primer，出现“searchcriteria”窗口，有多种参数可以调整。搜索目的（SeachFor）有三种选项，PCR引物（PCRPrimers），测序引物（SequencingPrimers），杂交探针（HybridizationProbes）。搜索类型(SearchType)可选择分别或同时查找上、下游引物（Sense/Anti-sensePrimer，或Both），或者成对查找（Pairs），或者分别以适合上、下游引物为主（CompatiblewithSense/Anti-sensePrimer）。另外还可改变选择区域（SearchRanges），引物长度（PrimerLength），选择方式（SearchMode），参数选择（SearchParameters）等等。使用者可根据自己的需要设定各项参数。如果没有特殊要求，建议使用默认设置。然后按search，随之出现的SearchProgress窗口中显示SearchCompleted时，再按OK，这时搜索结果以表格的形式出现，有三种显示方式，上游引物（Sense），下游引物(Anti-sense)，成对显示(Pairs)。默认显示为成对方式，并按优劣次序（Rating）排列，满分为100，即各指标基本都能达标。 

点击其中一对引物，如第1#引物，并把上述窗口挪开或退出，显示“PeimerPremier”主窗口，所得结果分三部分，最上面是图示PCR模板及产物位置，中间是所选的上下游引物的一些性质，最下面是四种重要指标的分析，包括发夹结构（Hairpin），二聚体（Dimer），错误引发情况（FalsePriming），及上下游引物之间二聚体形成情况（CrossDimer）。当所分析的引物有这四种结构的形成可能时，按钮由变成，点击该按钮，在左下角的窗口中就会出现该结构的形成情况。一对理想的引物应当不存在任何一种上述结构，因此最好的情况是最下面的分析栏没有，只有。值得注意的是中间一栏的末尾给出该引物的最佳退火温度，可参考应用。 

在需要对引物进行修饰编辑时，如在5’端加入酶切位点，可点击，然后修改引物序列。若要回到搜索结果中，则点击按钮。如果要设计简并引物，只需根据源氨基酸序列的物种来源选择前述的八种遗传密码规则，反推至DNA序列即可。对简并引物的分析不需像一般引物那样严格。总之，“Premier”有优秀的引物自动搜索功能，同时可进行部分指标的分析，而且容易使用，是一个相当不错的软件。

Primer Premier更新日志

1、种间交叉引物设计

利用来自多个物种的序列设计扩增引物

2、病理检测引物设计

可以用在高保区域设计引物

3、等位基因特效引物

设计专用于扩增某一类相关序列中特定成员的引物