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Primer Premier v6.0 正式版

Primer Premier v6.0 正式版

软件大小:52.58 MB软件语言:简体中文授权方式:免费软件

更新时间:2022-07-05运行环境:Win ALL

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Primer Premier是一款专业性极强的PCR引物设计软件。Primer Premier软件分为序列编辑窗口(Genetank),引物设计窗口(PrimerDesign),酶切分析窗口(RestrictionSites)和纹基分析窗口(Motif)四大模块,可以为PCR反应提供专业的引物设计功能。

Primer Premier v6.0 正式版

Primer Premier软件特色

1、主要界面可分为序列编辑窗口(Genetank),引物设计窗口(Primer Design),酶切分析窗口(Restriction Sites)和纹基分析窗口(Motif)四大块

2、该软件就是用来进行引物设计的

3、可以简单地通过手动拖动鼠标以扩增出相应片段所需的引物

4、在手动的任何时候,下面显示各种参数的改变和可能的二聚体、异 二聚体、发夹结构等。也可以给定条件,让软件自动搜索引物,并将引物分析结果显示出来

5、进行这些操作非常简单

Primer Premier软件功能

CR引物设计 - 设计引物对用于PCR和多重实验。

跨物种 - 扩增来自多个物种的序列。

致病性检测 - 在高度保守的区域中定位寡核苷酸。

等位基因特异性 - 仅扩增一组相关序列中的单个成员。

简并 - 从氨基酸序列开始,反向翻译并自动设计低简并区域的寡核苷酸。

嵌套/多重 - 检查多个候选寡核苷酸之间的同源性。

限制酶和基序分析 - 从数据库中选择800多种酶和200种常见基序。

Clustal W比对 - 使用任何资源(包括EBI)在执行ClustalW比对后加载比对序列。

多序列比对 - 使用流行的Clustal W算法来对齐桌面上的序列(仅适用于Windows版本)。

算法 - 使用Breslauer值计算Tm。

长PCR - 处理最多50 KB的序列。

Primer Premier使用技巧

其主要功能在主界面上一目了然。限制性酶切点分析及基元查找功能比较简单,点击该功能按钮后,选择相应的限制性内切酶或基元(如-10序列,-35序列等),按确定即可。常见的限制性内切酶和基元一般都可以找到。你还可以编辑或者添加新限制性内切酶或基元。 

进行引物设计时,打开DNA序列后点击按钮primer,出现“searchcriteria”窗口,有多种参数可以调整。搜索目的(SeachFor)有三种选项,PCR引物(PCRPrimers),测序引物(SequencingPrimers),杂交探针(HybridizationProbes)。搜索类型(SearchType)可选择分别或同时查找上、下游引物(Sense/Anti-sensePrimer,或Both),或者成对查找(Pairs),或者分别以适合上、下游引物为主(CompatiblewithSense/Anti-sensePrimer)。另外还可改变选择区域(SearchRanges),引物长度(PrimerLength),选择方式(SearchMode),参数选择(SearchParameters)等等。使用者可根据自己的需要设定各项参数。如果没有特殊要求,建议使用默认设置。然后按search,随之出现的SearchProgress窗口中显示SearchCompleted时,再按OK,这时搜索结果以表格的形式出现,有三种显示方式,上游引物(Sense),下游引物(Anti-sense),成对显示(Pairs)。默认显示为成对方式,并按优劣次序(Rating)排列,满分为100,即各指标基本都能达标。 

点击其中一对引物,如第1#引物,并把上述窗口挪开或退出,显示“PeimerPremier”主窗口,所得结果分三部分,最上面是图示PCR模板及产物位置,中间是所选的上下游引物的一些性质,最下面是四种重要指标的分析,包括发夹结构(Hairpin),二聚体(Dimer),错误引发情况(FalsePriming),及上下游引物之间二聚体形成情况(CrossDimer)。当所分析的引物有这四种结构的形成可能时,按钮由变成,点击该按钮,在左下角的窗口中就会出现该结构的形成情况。一对理想的引物应当不存在任何一种上述结构,因此最好的情况是最下面的分析栏没有,只有。值得注意的是中间一栏的末尾给出该引物的最佳退火温度,可参考应用。 

在需要对引物进行修饰编辑时,如在5’端加入酶切位点,可点击,然后修改引物序列。若要回到搜索结果中,则点击按钮。如果要设计简并引物,只需根据源氨基酸序列的物种来源选择前述的八种遗传密码规则,反推至DNA序列即可。对简并引物的分析不需像一般引物那样严格。总之,“Premier”有优秀的引物自动搜索功能,同时可进行部分指标的分析,而且容易使用,是一个相当不错的软件。

Primer Premier更新日志

1、种间交叉引物设计

利用来自多个物种的序列设计扩增引物

2、病理检测引物设计

可以用在高保区域设计引物

3、等位基因特效引物

设计专用于扩增某一类相关序列中特定成员的引物