DnaMan 9正式版是一款功能非常强大的分子生物学综合序列分析软件。DnaMan 9正式版可以让您在进行复杂运算以及模拟DNA运行状态的过程中拥有一个可以完美搭载您数据计算的平台。DnaMan 9正式版支持的分析类型非常丰富,包括蛋白质分析、分子研究、引物分析、序列对比研究等模块,让您在研究生物实验数据的时候更加方便。
扫描序列的相似性
它扫描所有的序列记录在默认的数据库搜索当前序列的同源序列。如果默认数据库包含DNA序列,则默认序列必须是DNA序列。如果默认数据库包含蛋白质序列,则默认序列必须是蛋白质序列。DNAMAN将使用快速对准方法扫描数据库的序列相似性。您可以选择对结果的最终输出使用快速对齐或最佳对齐方式。
错配分析
错配分析的目的是找到所有可能的退火位点的DNA序列的引物在默认。此功能可用于PCR和DNA测序的引物选择。权重矩阵用来区分引物位置的重要性。由于引物在3’末端对目标DNA的匹配比PCR扩增的5末端更重要,所以更多的权重被赋予3’末端。为了提高PCR引物的特异性,应始终检查引物与靶DNA之间是否存在次级退火位点。
数据库管理
选择数据库|经理命令打开数据库管理器”对话框。
DNA和蛋白质数据库
该软件的数据库功能,允许用户组织DNA和蛋白质序列的不同科目。
编辑记录信息
有关特定记录的信息可以编辑。在序列列表框中,所有记录按字母顺序或记录顺序列出。每个记录名字的数量显示记录的记录号ID.用DNAMAN自动分配。因此,您可以为不同的记录使用相同的名称。
1、双击.exe文件进入DNAMAN安装导向界面,点击【Next】继续安装。
2、进入DNAMAN安装协议界面,点击【I accept the agreement】,然后点击【next】。
3、选择DNAMAN安装位置,点击【next】,软件会默认安装,或者您可以点击【Browse】,弹出安装位置界面,您可以自己选择DNAMAN安装位置,选择完成后点击【NEXT】。
4、准备安装DNAMAN,您可以检查一下软件安装位置是否正确,如果正确点击【Install】。
5、DNAMAN软件正在安装中,您需要耐心等待软件安装。
6、DNAMAN软件安装完成,点击【finish】退出软件安装。
1、打开软件点击软件顶部的点击File,在弹出的选择中选择new
2、在新建好的对话框中输入DNA序列。
3、输入完后,同时按住键盘上Ctrl和A,选中序列,并单击软件顶部“seq”图中以为大家标注出来。
4、然后点击软件顶部的Sequence选项,在弹出的选项中点击Display,在二级菜单中点击Rev.Compl.Sequence
5、然后就可以得到原序列的反向互补序列。
DNAMAN设计引物
1、先要拿到自己要设计引物的目的基因。
2、打开DNAMAN软件,打开软件后点击软件菜单栏的Primer选项,在弹出的选择中选择Load Primer,在二甲菜单中选择From Input选项。
3、导入文件后,点击菜单栏的Primer选项,在弹出的选项中选择Melting Temperature。
4、打开Melting Temperature对话框,您可以修改Thermo这个选项,Thermo值一般在55℃到70℃之间比较好。
5、从上图可以看到我们这20个碱基的Tm值只有49度,显然太低,需要增加碱基数量。我们取前24个碱基粘贴进去,点击下方Show Tm便可以看到这个引物的Tm值,发现是60.3度,很合适,就用这个了。这样正向引物就设计完了,把这24个碱基序列保存下来。
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